Proton tedavisinin, foton ışın tedavisine göre farkı protonların sahip olduğu maksimum enerjiyi, ışınlama bölgesinin sınırları içinde ‘Bragg zirvesi’ denilen kanserli dokunun sınırları içinde olan eğrinin zirvesinde yayarlar. Her seansta dokunun içinde biriken radyasyon patolojik dokuların DNA’sını ve böylece hastalıktan etkilenmiş olan dokuyu yok eder. Doktorun ağrılı bir bölgeye yaptığı enjeksiyon gibi fakat ışınla yapılan bir tedavidir. Kanserli dokunun önünde bulunan alan en düşük radyasyona maruz kalırken, hedeflenen kanserli oluşumun arkasındaki dokular ise 0’a yakın radyasyona maruz kalırlar. Sonuç olarak kanserli dokunun tedavisinde görülebilen yan etkiler oldukça azaltılmış olur.